Daňová a účetní due diligence při nákupu firmy

Publikováno dne 13. srpna 2026

Kupujete podíl ve firmě? Spolu s ním přebíráte celou její daňovou a účetní minulost. Daňová a účetní due diligence ověří, jestli účetnictví zachycuje skutečný majetek, dluhy a výkonnost firmy a jestli jí nehrozí doměření daně s penále a úrokem. Ukážeme vám, které podklady si vyžádat, kde se daňová rizika skrývají nejčastěji a jak je převést do ceny a kupní smlouvy.

Stručná odpověď: Daňová due diligence prověřuje všechna otevřená daňová období – ne jen poslední rok. Lhůta pro stanovení daně činí zpravidla 3 roky, ale úkony správce daně ji prodlužují až na 10 let (§ 148 daňového řádu). Potvrzení o bezdlužnosti ukáže jen aktuální nedoplatky, ne chybně stanovenou daň, kterou správce dosud nedoměřil. Nejčastější rizika najdete u daně z příjmů právnických osob (sazba 21 %), DPH (odpočty, řetězové obchody, ručení za daň dodavatele), převodních cen mezi spojenými osobami a daňových ztrát, které po změně vlastníka nemusí jít využít.

Účetní due diligence ověřuje kvalitu výnosů, pohledávky, zásoby, rezervy, odpisy a skryté závazky. Každé zjištění převeďte do ceny nebo smlouvy: úprava ceny, specifická daňová náhrada s dobou trvání navázanou na daňové lhůty, vázaný účet (escrow) a pravidla pro vedení daňové kontroly po převodu. Tento článek se týká prověrky kupované firmy; daně ze samotné fúze nebo rozdělení popisuje samostatný článek.

Proč nestačí potvrzení o bezdlužnosti

Potvrzení o bezdlužnosti vydá finanční úřad na žádost a ukáže, zda firma eviduje nedoplatek ke dni vydání. Neukáže ale daň, kterou firma stanovila špatně a kterou správce zatím nedoměřil. Při převodu podílu přitom takový doměrek zaplatí firma – tedy fakticky kupující. Proto kombinujte formální potvrzení (finanční úřad, správa sociálního zabezpečení, zdravotní pojišťovny) s věcnou kontrolou daňových pozic za všechna otevřená období.

Samotnou daňovou stránku přeměn – daňovou neutralitu, ztráty a DPH při fúzi – rozebírá článek daně při fúzi a rozdělení. Tady se zaměříme na prověrku kupované firmy.

Jaké podklady si vyžádat

Oblast Podklady
Účetní závěrky rozvaha, výsledovka, příloha, přehled o peněžních tocích za 3–5 let
Hlavní kniha úplný export hlavní knihy a deníku ve strojově čitelné podobě
Banky výpisy všech účtů, úvěrové smlouvy, výpočty finančních podmínek
Pohledávky a závazky věkové struktury, inkaso po rozvahovém dni, dobropisy, faktoring
Zásoby a majetek inventurní soupisy, skladové karty, registr majetku, odpisové plány
Daň z příjmů přiznání s přílohami, výpočty odložené daně, evidence ztrát
DPH přiznání, kontrolní a souhrnná hlášení, evidence pro DPH, opravy
Převodní ceny dokumentace, funkční analýza, srovnávací studie, smlouvy ve skupině
Kontroly protokoly, výzvy, platební výměry, odvolání

PDF se závěrkou nestačí. Bez exportu hlavní knihy neotestujete jednotlivé zápisy, protistrany ani vazbu na bankovní pohyby.

Daň z příjmů: kde vznikají doměrky

Sazba daně z příjmů právnických osob činí 21 %. Prověřte zejména:

  • náklady bez doložené služby – typicky manažerské poplatky (management fees) ve skupině,
  • soukromé výdaje společníků hrazené firmou,
  • úroky z půjček od spojených osob a pravidla omezující jejich uznatelnost,
  • daňové odpisy a technické zhodnocení,
  • srážkové daně u dividend, úroků a licencí do zahraničí,
  • odpočty na výzkum a vývoj a investiční pobídky.

Ilustrativní příklad: Firma uplatnila jako náklad 8 mil. Kč za manažerské služby od mateřské společnosti, ale nemá smlouvu, výstupy ani důkaz o jejich poskytnutí. Doměrek daně činí 8 mil. × 21 % = 1,68 mil. Kč, k tomu penále 20 % z doměřené daně (336 tis. Kč) a úrok z prodlení. Kupující proto nežádá jen snížení ceny o pravděpodobnou škodu, ale specifickou náhradu celé skutečně vyměřené částky.

DPH: odpočty, řetězce a ručení

U DPH hledejte neprokázané přijetí plnění, odpočty z plnění použitých pro osvobozenou činnost, chybné okamžiky uskutečnění plnění, nesprávné sazby, přenesenou daňovou povinnost, přeshraniční obchody a platby na nezveřejněné účty. Prověřte dodavatele v registru plátců DPH: pokud firma platila nespolehlivému plátci nebo na účet, který dodavatel nezveřejnil, může za jeho nezaplacenou daň ručit. Neoprávněný odpočet ze základu 5 mil. Kč znamená při sazbě 21 % doměrek 1,05 mil. Kč (ilustrativně) – a v podvodném řetězci správce odpočet odepře celý.

Převodní ceny a vztahy ve skupině

Ceny mezi spojenými osobami musí odpovídat cenám mezi nezávislými stranami. Pokud se liší a rozdíl firma neodůvodní, správce upraví základ daně (§ 23 odst. 7 zákona o daních z příjmů).

Krok Otázka
Identifikace Našli jste všechny spojené osoby a transakce, včetně půjček a společného financování (cash pooling)?
Funkce a rizika Kdo vykonává funkce, vlastní aktiva a nese rizika?
Smlouvy Odpovídají smlouvy skutečnému jednání stran?
Metoda a srovnání Je metoda vhodná a srovnávací vzorek aktuální?
Výsledek Leží ziskovost v obhajitelném tržním rozpětí?

Daňové ztráty: aktivum, které nemusí přežít změnu vlastníka

Daňová ztráta snižuje budoucí daň, a proto zvyšuje hodnotu firmy. Zákon o daních z příjmů ale omezuje její uplatnění, pokud se podstatně změní složení osob, které se podílejí na kapitálu nebo kontrole firmy, a firma nesplní zákonné podmínky – zejména pokračování ve stejné činnosti (§ 38na). Ztrátu proto do ceny nezapočítávejte, dokud daňový poradce nepotvrdí, že ji firma po převodu využije.

Účetní prověrka: výnosy, pohledávky, zásoby, rezervy

Zákon o účetnictví vyžaduje, aby účetní závěrka podávala věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví a finanční situace firmy (§ 7 odst. 1). Ověřte to stejnými postupy jako auditor:

Postup Co ověří
Dohledání dokladu k zápisu že zaúčtovaná transakce existuje (smlouva, dodání, faktura, platba)
Dohledání zápisu k dokladu že účetnictví je úplné
Externí konfirmace zůstatky u bank, zákazníků a dodavatelů
Test správného období faktury a dodávky kolem konce roku
Události po rozvahovém dni inkaso pohledávek, dobropisy, úhrady závazků
Analýza celé populace dat duplicitní faktury, kulaté částky, zápisy o víkendu

Výnosy: hledejte předčasně zaúčtované tržby, nezachycené dobropisy a bonusy zákazníkům, kapitalizované provozní náklady a obchody se spřízněnými osobami mimo tržní ceny.

Pohledávky (ilustrativně): firma vykazuje pohledávky 40 mil. Kč. Po rozboru věkové struktury a inkasa – 24 mil. do splatnosti (99 %), 8 mil. do 90 dní po splatnosti (90 %), 4 mil. do 180 dní (60 %) a 4 mil. nad 180 dní (20 %) – je jejich ekonomická hodnota 34,16 mil. Kč. Rozdíl 5,84 mil. Kč promítněte do ceny nebo pracovního kapitálu.

Zásoby: ověřte vlastnictví, stav a prodejnost. Pokud zásoby rostou o 40 % a tržby o 5 %, zkoumejte zastaralé zboží nebo přesun fixních nákladů do zásob.

Rezervy a podmíněné závazky: záruky, spory, nevyčerpaná dovolená, bonusy a ztrátové zakázky prověřte bez ohledu na daňovou uznatelnost podle zákona č. 593/1992 Sb., o rezervách. Rezerva, kterou zákon daňově neuzná, musí v účetnictví být, pokud odpovídá riziku.

Účetní kvalita se přímo promítá do ceny – jak z účetních dat vzniká normalizovaný provozní zisk a hodnota firmy, souvisí i s volbou rozhodného dne a závěrek u přeměn, které popisuje článek rozhodný den přeměny.

Čísla a lhůty pro daňovou a účetní prověrku

Co Hodnota Předpis
Sazba daně z příjmů právnických osob 21 % § 21 zákona č. 586/1992 Sb.
Sazby DPH 21 % základní, 12 % snížená § 47 zákona č. 235/2004 Sb.
Lhůta pro stanovení daně zpravidla 3 roky, nejvýše 10 let § 148 zákona č. 280/2009 Sb.
Penále z doměřené daně 20 % § 251 daňového řádu
Zveřejnění závěrky u firem s povinným auditem nejpozději do 12 měsíců od rozvahového dne § 21a odst. 2 zákona o účetnictví

Doba trvání daňových záruk v kupní smlouvě proto obvykle kopíruje daňové lhůty – kratší záruka vás nechá bez ochrany právě v době, kdy kontrola přijde.

Náprava před transakcí

Zjištění Náprava
Účetní chyba v otevřeném období opravný zápis, aktualizovaná závěrka
Chybějící opravná položka zaúčtování před výpočtem ceny k vypořádání
Vyšší daňová povinnost dodatečné daňové přiznání
Chybná DPH oprava přiznání a navazujících hlášení
Slabá dokumentace převodních cen doplnění analýzy podle skutečného průběhu, nikdy zpětně vymyšlené podklady
Nezaúčtovaný závazek zachycení v účetnictví a úprava ceny

Jako prodávající opravte, co jde, ještě před zahájením prodeje. Dodatečné přiznání podané dobrovolně je pro firmu zpravidla levnější než doměrek z kontroly – a kupujícímu ukáže, že máte účetnictví pod kontrolou. Pokud chcete rizikovou činnost nebo majetek před prodejem oddělit, zvažte rozdělení firmy – za dluhy vzniklé před rozdělením ale zpravidla ručí i nástupnická společnost.

Checklist: Co udělat, abyste nezaplatili cizí daň

  • Vyžádejte si přiznání, hlášení a komunikaci se správcem daně za všechna otevřená období.
  • Získejte potvrzení o bezdlužnosti i výpis osobního daňového účtu – ale nespoléhejte jen na ně.
  • Prověřte náklady od spojených osob a dokumentaci převodních cen.
  • Zkontrolujte dodavatele v registru plátců DPH a platby na nezveřejněné účty.
  • Nechte si potvrdit využitelnost daňových ztrát po změně vlastníka.
  • Přepočítejte pohledávky, zásoby a rezervy na ekonomickou hodnotu.
  • Ke každému riziku sjednejte úpravu ceny nebo specifickou náhradu s vázaným účtem.

Daňové záruky a spor o náhradu

Obecný strop odpovědnosti se na známý daňový problém nehodí. Sjednejte specifickou daňovou náhradu: přesnou definici daně (včetně pojistného, úroku, penále a nákladů obrany), dobu trvání navázanou na lhůty pro stanovení daně, pravidla kdo vede daňovou kontrolu a jak se jí prodávající účastní, zákaz měnit přiznání bez koordinace a úpravu vratek daně. Nárok zajistěte vázaným účtem nebo zádržným z ceny. Bez těchto pravidel se po kontrole přete o to, kdo měl daň platit, kdo měl podat odvolání a jestli nárok už nepromlčel. Jak rizika ocenit a rozdělit mezi strany, ukazuje článek hodnocení rizik spojení firem; pokud se místo prodeje rozhodujete pro fúzi, porovnejte obě cesty v článku rozdíl mezi fúzí a akvizicí.

Účetní čísla musí sedět s realitou

Daňová a účetní due diligence nehledá jen chyby. Ověřuje, že čísla, ze kterých počítáte cenu, odpovídají skutečnému majetku, dluhům a výkonnosti firmy. Každý nález má mít cenovku a smluvní řešení. Prověrku, ocenění a strukturu transakce vám připravíme v rámci služby sestavení projektu, při spojení firem i jako součást služby spojení firem. Jak spolupráce probíhá krok za krokem, ukazuje stránka jak to funguje.

Chystáte koupi nebo prodej firmy? Ozvěte se nám nebo zavolejte na +420 774 624 712 – s našimi daňovými a účetními partnery prověříme firmu a navrhneme daňové záruky do smlouvy.

Často kladené otázky

Za kolik let zpětně prověřit daně kupované firmy?

Za všechna období, ve kterých ještě neuplynula lhůta pro stanovení daně. Ta činí zpravidla 3 roky, ale úkony správce daně ji prodlužují až na 10 let (§ 148 daňového řádu).

Stačí potvrzení o bezdlužnosti?

Ne. Potvrzení ukáže jen evidované nedoplatky ke dni vydání. Chybně stanovenou daň, kterou správce dosud nedoměřil, neodhalí.

Může firma po prodeji využít daňovou ztrátu?

Jen při splnění podmínek zákona o daních z příjmů. Při podstatné změně vlastníků zákon uplatnění ztráty omezuje, pokud firma nepokračuje ve stejné činnosti (§ 38na).

Jak dlouho mají trvat daňové záruky prodávajícího?

Ideálně do konce lhůty pro stanovení daně za poslední období před převodem. Kratší záruka vás nechá bez ochrany, když kontrola přijde později.

Co je specifická daňová náhrada?

Samostatná povinnost prodávajícího uhradit konkrétní známé daňové riziko, pokud se naplní – mimo limity obecných záruk a obvykle zajištěná vázaným účtem.

Čím se daňová due diligence liší od statutárního auditu?

Audit ověřuje účetní závěrku podle auditorských standardů. Due diligence má sjednaný rozsah a hledá rizika pro konkrétní transakci a cenu – včetně daní za otevřená období.